ابراهیم خان از کریم خان زند، به پاس خدمات پدرش حکومت قره باغ را گرفت. ابراهیم خلیل‌خان با استفاده از آشوب‌های سیاسی پس از مرگ کریم‌خان عملاً علم استقلال برافراشت.
آقا محمدخان چون از تسلیم شدن ابراهیم‌خلیل مأیوس گردید، در 15 شوال 1209 برای سرکوب و تصرف کامل نواحی تحت حکومت او، از تهران حرکت کرد و چون ابراهیم‌خان برای جلوگیری از حرکت او پل خداآفرین را در نزدیکی شوشی منهدم کرد،
سلیمان‌خان قاجار را به تعمیر آن مأمور ساخت. ابراهیم از فرمانروایان شیروان و شماخی و دربند یاری خواست، اما خان قاجار این نیروها را به سرعت در هم شکست و در نزدیکی پل خداآفرین اردو زد. ابراهیم خلیل‌خان با سپاهی نزدیک به 10 هزار تن به جنگ پرداخت اما از سلیمان خان شکست خورد و به درون قلعه پناه برد. ابراهیم خلیل متعهد شد که هدایایی تقدیم دارد و از آن پس به آقا محمدخان خراج بپردازد، ولی ضعف پیری را بهانه آورد و از حضور نزد آقا محمدخان پوزش خواست و یکی از فرزندان خود را به عنوان گروگان نزد او فرستاد.
ابراهیم خلیل‌خان پس از این حوادث نامه‌ای به زبوف، سردار روس که از جانب کاترین دوم امپراتور روسیه مأمور تسخیر آن حوالی شده و تا دشت مغان پیش رفته بود، نوشت و اظهار اطاعت و بندگی کرد، اما در همان هنگام کاترین درگذشت و الکساندر پل اول فرمان داد که قوای روس از داغستان مراجعت کند. آقا محمدخان که از سازش ابراهیم خلیل با روسها آگاه شده بود، به قصد براندازی او و تصرف قراباغ و داغستان از تهران حرکت کرد. هر چند ابراهیم‌خان برای ممانعت از حرکت او پل ارس را خراب کرد، اما آقا محمدخان با زحمت از آن رود گذشت و خود را به نزدیک قلعة شوشی رساند. ابراهیم خلیل‌خان هراسان شد، قلعه را رها کرد و با زن و فرزندانش به داغستان گریخت.
اندکی پس از این حادثه در 21 ذیحجۀ همان سال آقا محمدخان در همانجا به دست دو تن از نوکرانش به قتل رسید و لشکریانش پراکنده شدند و ابراهیم خلیل‌خان به مقر حکمرانی خود بازگشت. در آنجا پیکر شاه مقتول را موقتاً به خاک سپرد و آنگاه که فتحعلی شاه آن را از او خواست، برای اینکه روابطش با شاه جدید ایران حسنه شود، جسد آقامحمدخان را با احترام فراوان همراه با فرزندش ابوالفتح خان به تهران فرستاد و یکی از دخترانش به نام آغاباجی را به عقد شاه درآورد.
در سالهای نخستین پادشاهی فتحعلی شاه، ابراهیم خلیل همچنان بر قراباغ فرمان می‌راند، اما با روسها ارتباط بیشتری داشت. در 1217 ه.ق پدرزن خود را یاری رساند تا نواحی گنجه را نیز متصرف شود و طوری قدرت به هم رساند که حتی هراکلیوس والی گرجستان مجبور شد با آنان به مدارا رفتار کند.
در جنگ اول ایران و روس، طرف ایران را گرفت و به دست نوه اش که طرفدار روس ها بود، کشته شد.
