محمد علی شاه از همان ابتدا به مخالفت با مشروطه و مجلس پرداخت. او در مراسم تاجگذاری خود نمایندگان مجلس را دعوت نکرد. نمایندگان دورهٔ اول مجلس با حرارت تمام جهت اصلاح اوضاع ایران میکوشیدند و
مسیو نوز رئیس کل گمرک و وزیر خزانه را اخراج کردند و مستمری شاه و درباریان را کاستند.
کشاکش میان شاه و مجلس تا آنجا رسید که محمدعلی شاه،
مشیرالدوله را از صدارت برکنار کرد و
امین السلطان (اتابک اعظم) را که سالها صدراعظم دوره استبداد بود از اروپا به ایران فراخواند و او را صدراعظم کرد. صدراعظم ترور شد.
شاه از امضای متمم قانون اساسی سر باز زد. پس از اعتراضات مردم به ویژه در تبریز، ناچار دستخطی صادر کرد و قول همراهی با مشروطه را داد. پس از چند روز او و دیگر مستبدان با همراهی
شیخ فضلالله نوری عدهای را علیه مجلس در اطراف آن جمع کردند و به درگیری با نمایندگان و مدافعان مجلس پرداختند.
هنوز مدتی از آشتی میان مجلس و شاه نگذشته بود که یاران
حیدرخان عمواوغلی با پرتاب بمب به اتومبیل محمدعلی شاه به او سوءقصد کردند. شاه به باغشاه رفت و بریگاد قزاق را برای مقابله با مجلس آماده کرد. بالاخره با فرستادن
کلنل لیاخوف فرمانده بریگاد قزاق حمله به مجلس را آغاز کرد. لیاخوف با نیروهایش مجلس را محاصره کردند و ساختمان مجلس و مدرسه سپهسالار را در 23 جمادیالاول 1326 ه.ق (2 تیر 1287ه.ش) به توپ بستند. عده زیادی از مدافعان مجلس در این حمله کشته شدند. محمدعلی شاه لیاخوف را به حکومت نظامی منصوب کرد و به تعقیب نمایندگان و دیگر آزادیخواهان پرداخت. تعدادی از برجستهترین مشروطهخواهان در باغ شاه کشته شدند.
محمدعلی شاه سعی داشت اساس مشروطه را تغییر دهد و مجلسی فرمایشی تشکیل داد اما با فتح تهران به دست مجاهدین مشروطه خواه از سلطنت خلع شد.