شيخ مرتضي در سال 1340 قمري پس از فتح تهران توسط مشروطه‌خواهان و قبل از کودتاي سوم اسفند 1299 رضاخان، به مشهد رفت و در آنجا به تدريس پرداخت و اداره حوزه علميه را بر عهده گرفت. در سال 1304 شمسي پس از خلع احمدشاه از سلطنت توسط مجلس شوراي ملي و واگذاري آن به رضاخان سردارسپه، آشتياني ضمن ارسال تلگرافي به شاه خواستار توجه بيشتر وي به امور مسلمين و روحانيون گرديد. در پس سفر رضاشاه به ترکيه و تأثيرپذيري از اقدامات مصطفي کمال آتاتورک در مدرنيزه کردن ترکيه، دستور کشف حجاب زنان و تغيير لباس مردان و استفاده از لباس متحدالشکل صادر شد. پس از تصويب اين قانون آشتياني تحت فشار حکومتي قرار گرفت تا از صدور جواز اجتهاد براي طلبه‌ها اجتناب کند. شيخ مرتضي به همراه 7 نفر ديگر از روحانيون مشهد تلگرافي براي رضاشاه ارسال کردند و درخواست توقف طرح کشف حجاب را نمودند. اما پاسخ تلگراف، کشتار مردم بي دفاع در مسجد گوهرشاد مشهد بود. پس از اين جريان آشتياني و تعدادي از مقامات سياسي و نظامي خراسان به مذاکره با شيخ محمدتقي بهلول، طليعه‌دار معترضان پرداخته و تقاضاي متفرق ساختن جمعيت را نمودند. فعالين اصلي واقعه مذکور مغضوب رضاشاه شدند و براي هر يک مجازاتي تعيين شد. شيخ مرتضي نيز به تهران فرا خوانده شد و حدود 3 سال در شهرري تحت نظر شهرباني قرار داشت.
او در تحصن آیت الله عبدالله بهبهانی و چند تن از روحانیون مشروطه خواه در حضرت عبدالعظیم شرکت کرد. همچنین در قضیه در آستانه جنبش مشروطه خواهي در ايران توجه وي به مسائل سياسي بيشتر شد و به جمع هواداران اصلاحات سياسي پيوست به طوري که پيش از صدور فرمان مشروطيت نامه اي به مظفرالدين شاه نوشت و در آن راجع به ناتواني رجال حکومتي براي رفع معضلات اجتماعي تذکر داد. در جريان نهضت مشروطه، عضو مجمع روحانيون يا همان مجلس شوراي مليون بود. در پي وقوع چريان مسجد شاه 4 با ديگر روحانيون معترض به شهرري مهاجرت کرد و در حرم مطهر حضرت عبدالعظيم متحصن گرديد. همين امر منتج به برکناري نامبرده از توليت مدرسه «خان مروي» و امامت مسجد «خازن الملک» به دستور عين الدوله صدراعظم وقت گرديد. متحصنين درخواست بازگرداندن توليت مدرسه مذکور را از مظفرالدين شاه نمودند که وي سرانجام مجبور به اجابت تقاضاي آنان گرديد. پس از آن مهاجران به تهران بازگشتند و بر خواسته خود که تأسيس عدالتخانه بود اصرار ورزيدند. در همين رابطه شيخ مرتضي با عين الدوله ملاقات کرد اما توافقي حاصل نشد. بنابراين علماي تهران در سال 1324 قمري به همراهي شيخ مرتضي آشتياني به نشانه اعتراض به قم مهاجرت کردند.
مرتضی آشتیانی در سال 1323 قمري دستور خرابي بانک روس را (که در جهت منافع دولت روسيه فعاليت مي کرد و سياست هاي مغاير با اصول شرع اسلام داشت) صادر نمود و مردم عمارت مذکور را ويران کردند.
