امام موسی صدر در 31 اوت 1978 پس از سفر به کشور لیبی ، به دعوت معمر قذافی در این کشور ناپدید شد .
وی فرزند آیت الله صدر الدین صدر ، اهل شهر صدر لبنان که جانشین شیخ عبدالکریم حائری مؤسس حوزه علمیه قم و از مراجع بزرگ زمان خود بود می باشد . مادر او صفیه طباطبایی قمی فرزند حاج آقا سید حسین قمی طباطبایی بود .
سید موسی صدر در سال 1960 دعوتی مبنی بر به عهده گرفتن رهبری شیعیان لبنان در شهر صدر وجانشینی عبدالحسین شریف الدین که در سال 57 درگذشته بود را پذیرفت. وی به امام موسی صدر مشهور شد ، دیری نپایید که به یکی از رهبران شیعیان لبنان به عنوان گروهی که هم از نطر سیاسی و هم از نطر اقتصادی مورد محرومیت قرار گرفته بود ، تبدیل شد . صدر به عنوان رهبری رهبری میانه رو که خواستار واگذار کردن بخشی از قدرت مسیحیت مارونی و در عین حال حفظ روابط صلح آمیز میان گروه ها بود شناخته شد .
وی در عین حال که یکی از مخالفین اسرائیل بود « ساف » را برای به خطر انداختن زندگی مردم لبنان مورد انتقاد قرار می داد .
او در سال 1969 رئیس مجلس اعلای شیعیان لبنان شد ، نهادی که به منظور حمایت از شیعیان در دولت ایجاد شده بود . در مدت 4 سال پس از آن وی رهبر علویان سوریه را به متحد کردن قدرت سیاسی اشان با شیعیان 12 امامی ترغیب می نمود .
در سال 1974 وی جنبش امل که در ابتدا حرکة المحرومین نام داشت را برای بهبود شرایط اقتصادی و اجتماعی شیعیان بنیان نهاد . وی مدارس و کلینیک های درمانی متعددی در جنوب لبنان تاسیس کرد که بیشتر آنها هنوز فعالیت می کنند . امام موسی تلاش فراوانی برای بازداری مردم از اعمال خشونت نمود ، گرچه تلاش های وی بی نتیجه ماند و جنگ داخلی لبنان درگرفت .وی در ابتدای جنگ با جنبش ملی لبنان ( الحرکة الوطنیة البنانیة ) و جنبش بک جناح نظامی که به افواج المقاومة البنانیة ، که بیشتر به نان امل شناخته می شد را تشکیل داد ، گرچه او پس از حمله سوریه به لبنان ( جبهة البنانیة ) متشکل از احزاب مسیحی ، در سال 1976 از حمایت خود کناره گرفت بعلاوه او در طول جنگ داخلی فعالیت فراوانی با مصطفی چمران ، صادق قطب زاده و برخی دیگر فعالان اسلامی ایران داشت .همچنین او در توسعه روابط حافظ اسد رئیس جمهور سوریه و مخالفان محمد رضا پهلوی ، شاه ایران بسیار مفید بود .
سید موسی صدر بلند قامت و در گفتار عربی خوش بیان بود ، وی دارای روابط خانوادگی با امام خمینی بود ، احمد پسر امام خمینی همسر خواهرزاده اوست .
امام موسی صدر در تاریخ 25 اوت 1978 به همراه شیخ محمد یعقوب و یک روزنامه نگار به نام عباس بدرالدین برای ملاقات با سران دولتی لیبی به این کشور عزیمت کردند .قرار ملاقات بنا بر دعوت معمر قذلفی صورت گرفته بود ، آخرین بار در 31 اوت امام موسی همراه 2 نفر نام برده رؤیت شدند و دیگر هیچ کس خبری از آنها نشنید . خیلی ها بر این باورند که قذافی دستور قتل امام موسی راصادر کرده است ، اما انگیزه های متنوعی حدس می زنند . کشور لیبی مصرانه از پذیرفتن مسئولیت سربازمیزند و مدعی است که امام موسی صدر و همراهانش لیبی را به مقصد ایتالیا ترک کرده اند . پسر امام موسی صدر معتقد است که او همچنان در زندان های لیبی به سر می برد . موضوع ناپدید شدن الصدر همچنان یک اختلاف اساسی میان لبنان و لیبی است . نبیه بری مدعی است که رژیم لیبی و خصوصا رهبر لیبی مسئول ناپدید شدن موسی صدر است ( در الشرق الاوسط ، 27 اوت 2006 ) . با توجه به گفته های ژنرال ایرانی منصور قادر رئیس امنیت سوریه ، رفعت اسد به سفیر ایران در سوریه گفته است که قذافی نقشه قتل امام موسی صدر را می کشیده است .در 27 اوت 2008 قذافی توسط دولت لبنان تحت تعقیب قرار گرفت و با سقوط حکومت معمر قذافی لبنان و ایران از انقلابیون لبنان درخواست کردند که در مورد سرنوشت امام موسی صدر تحقیق کنند .
یک خبرنگار سیاسی گفت که به گفته سیف الاسلام قذافی ، پسر معمر قذافی امام موسی صدر هرگز لیبی را ترک نکرده است . به نقل از شورای انتقالی ملی لیبی در قاهره ، قذافی امام موسی صدر را پس از بحث در مورد عقاید شیعه به قتل رسانده است . امام موسی صدر او را متهم به ناآگاهی از آموزه های اسلام و نیز در مورد شیعه و سنی نموده است و در پی این ماجرا قذافی خشمگین شده و دستور قتل امام موسی صدر و همراهانش را صادر نموده است . بنابر اطلاعات دیگری که به درخواست رهبر فلسزینی یاسر عرفات به دست آمده ، امام موسی صدر به دست خود معمر قذافی به قتل رسیده است .
امام موسی صدر همچنان به عنوان یک رهبر روحانی و سیاسی مهم در میان جامعه شیعه لبنان به شمار می آید ، منزلت مقام وی حتی پس از ناپدید شدن در اوت 1978 حفظ شد .حتی امروز توسط پیروان امل و حزب الله مورد احترام قرار می گیرد . از دیدگاه سید حسین نصر او نه تنها به خاطر نقش سیاسی اش مشهور بود بلکه یک فیلسوف نیز بود .
