وی در سال 1986 رهبری نیروهای لبنانی را به عهده گرفت . پس از جنگ داخلی فشار سوریه برای پذیرفتن حضور سوریها یا رویارویی با عواقب پذیرش آن زیاد شده بود .پیش از دستگیر شدن جعجع بسیاری از سیاستمداران با او تماس گرفتند و در مورد آنچه پیش روی او بود به وی هشدار داده و پیشنهاد خارج کردن او تحت کنترل و امنیت را به او دادند . در سال 1994 ، 4 سال پس از پایان جنگ داخلی لبنان ، جعجع برای ترتیب دادن 4 ترور سیاسی در لبنان محکوم شد ، از جمله این ترورها می توان ترور رشید کرامی نخست وزیر لبنان در سال 1987 و اقدام ناموفق به ترور میشل المر وزیر دفاع لبنان در سال 1991 را نام برد . وی تمام این اتهامات را رد نمود ، با این وجود مجرم شناخته شد و به 4 بار مرگ محکوم شد که با تخفیف به حبس ابد در زندان تقلیل یافت . سمیر جعجع به مدت 11 سال در سلول انفرادی در زیرزمین ساختمان وزارت دفاع لبنان در بیروت زندانی بود . وی تنها رهبر نظامی لبنان است که برای جرائم جنگ داخلی زندانی شده است .
پس از انقلاب سرو ( ثورة الارز) و در پی آن عقب نشینی نیروهای سوریه ، یک مجلس که به تازگی انتخاب شده بودند ، تصمیم به اعطای عفو و آزاد کردن جعجع در 18 جولای 2005 گرفتند .
علی رغم تحصیل در رشته پزشکی او هرگز به این کار نپرداخت .
وی یکی از اعضای فعال جناح راست حزب فالانژ لبنان ( حزب الکتائب البنان ) ، که یکی از نیروها ی جنگی اصلی مسیحی در آغاز جنگ داخلی لبنان در سال 1957 بود .
